Septembre 2026 marque l'entrée en vigueur de la facturation électronique obligatoire. Une question revient chez beaucoup d'entreprises : les factures reçues par mail, PDF ou papier sont-elles encore valables ? Peut-on les payer et déduire la TVA ?
La réponse est claire : oui. La Direction Générale des Finances Publiques (DGFiP) l'affirme dans son guide pratique de démarrage publié en juillet 2026 (questions 3, 4 et 5).
Le principe posé par la DGFiP
Le guide DGFiP énonce trois principes fondamentaux (page 3) :
- Le calendrier légal est maintenu : les entreprises concernées doivent utiliser le circuit électronique prévu par la réforme.
- La continuité économique prime : la réforme modifie les modalités de transmission des factures, pas les règles de fond - existence de l'opération, dette commerciale, paiement, comptabilisation ou droit à déduction de la TVA.
- La continuité n'est pas une dispense : l'usage d'un autre canal ne remplace pas l'obligation de transmission électronique ; la régularisation reste la bonne pratique.
Concrètement, une facture reçue par mail, PDF ou papier ne doit pas être écartée au seul motif qu'elle n'a pas emprunté le circuit électronique, dès lors qu'elle correspond à une opération réelle et comporte les mentions nécessaires à son traitement.
Et pour la TVA ?
Le guide est tout aussi explicite (question 3) :
« S'agissant de la TVA, le seul fait qu'une facture ne soit pas transmise par le circuit électronique attendu ne prive pas automatiquement l'entreprise de son droit à déduction. Le droit à déduction demeure apprécié au regard des conditions de fond et de forme applicables. »
Références : articles 271 du CGI (droit à déduction) et 242 nonies A de l'annexe II au CGI (mentions obligatoires).
Dois-je demander à mon fournisseur de régulariser ?
Oui, vous pouvez lui demander - mais ce n'est pas obligatoire, et ce n'est pas une condition pour traiter la facture (guide DGFiP, question 4). La demande de régularisation vise à permettre la transmission des données à l'administration. Elle ne doit pas être utilisée pour bloquer la relation commerciale ou différer un paiement.
En pratique :
- Vous traitez la facture reçue (paiement, comptabilisation, TVA) pour assurer la continuité de l'activité.
- Vous pouvez inviter votre fournisseur à transmettre la même facture par le circuit électronique.
- Cette régularisation ne doit pas créer de double paiement ni de double comptabilisation.
Comment éviter les doublons ?
Si vous recevez la même facture par plusieurs canaux (électronique + mail + papier), le guide DGFiP (question 5) recommande :
- Comparer les éléments clés : numéro de facture, fournisseur, date, montants.
- Désigner une seule facture de référence dans votre système.
- Marquer les autres exemplaires comme doublons.
- Poursuivre le circuit de validation et de paiement sur cette seule base.
Ce que dit le guide sur les sanctions
Pendant la phase de démarrage, les sanctions ne seront pas appliquées automatiquement aux entreprises qui rencontrent des difficultés réelles, documentées et suivies d'actions de correction (guide DGFiP, question 29).
L'administration distingue ces situations de celles relevant d'une inertie ou d'un refus durable d'entrer dans le dispositif.
En résumé
| Situation | Ce que vous pouvez faire |
|---|---|
| Vous recevez une facture PDF par mail | La traiter, la payer, déduire la TVA - aucun problème |
| Vous recevez la même facture par deux canaux | Choisir une référence, traiter sur cette base, marquer le doublon |
| Le fournisseur n'émet pas par le circuit électronique | Traiter la facture, inviter à régulariser si nécessaire |
| Vous craignez une sanction | Documenter vos démarches et votre trajectoire de conformité |
Source : DGFiP - Facturation electronique : guide pratique de demarrage au 1er septembre 2026, juillet 2026, questions 3, 4 et 5.
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